Em 1993, na sequência de um protocolo estabelecido entre a Santa Casa da Misericórdia de Alcochete e a Câmara Municipal de Alcochete, após profundas obras de recuperação na igreja da Misericórdia, é instalado e abre ao público, a 21 de novembro de 1993, o Núcleo de Arte Sacra do Museu Municipal de Alcochete. O Núcleo de Arte Sacra, instalado num imóvel de elevado valor histórico e patrimonial, apresenta um percurso expositivo que reflete a qualidade da coleção de pintura que integra, com destaque para o retábulo do altar-mor e para a bandeira da Misericórdia, uma das mais antigas do país, atribuída a Francisco de Campos. Preserva integro no altar-mor o retábulo, de pintura e talha maneirista composto por seis painéis que se organizam em dois níveis, da autoria de Diogo Teixeira com a intervenção de António da Costa, cujo trabalho de marcenaria e entalhe é atribuído ao ensamblador Jacques de Campos. Um conjunto de catorze bandeiras processionais, com o Ciclo da Paixão de Cristo, atribuídas a André Gonçalves, bem como outras obras de pintura, inseridas no período compreendido entre os séculos XVI e XIX, refletem a qualidade da coleção de pintura exposta. Integra, ainda, um notável conjunto de peças de diversas tipologias, sendo de destacar na sua coleção de escultura, três peças em calcário policromado, datadas dos séculos XIV-XV, provenientes de trabalhos de escavações arqueológicas realizadas na antiga igreja de Santa Maria da Sabonha (freguesia de São Francisco).