Situado num alto junto ao Aqueduto da Amoreira, o convento era sempre alvo de assédio em período de guerra, tendo mesmo sido visto por alguns militares como um entrave à defesa da cidade. Deste lado o inimigo podia acercar-se sem ser visto e até mesmo instalar-se aqui para atacar. Assim aconteceu em 1658 e 1659 quando os espanhóis o ocuparam para esse efeito e também no início do séc. XIX aquando das invasões francesas. A artilharia da praça deixa o edifício várias vezes em ruína motivo pelo qual foi muitas vezes alvo de reconstruções. O convento de São Francisco de Elvas foi desocupado em 1834 pela Lei de expropriação dos bens das ordens religiosas, sendo afeto ao Cemitério Público em 1842. Em termos arquitetônicos o edifício está totalmente descaracterizado do seu aspecto inicial devido a obras aqui efetuadas nos séculos XVII, XVIII e XIX; ainda assim é de uma monumentalidade interessante, tendo a igreja na frontaria uma galilé encimada por uma janela com uma decoração concheada tendo no topo duas torres sineiras. O interior da igreja é simples e dá acesso a um claustro pavimentado em calçada portuguesa. Todo o convento sofreu obras de reabilitação e é desde 2006 ocupado pelo Arquivo Histórico Municipal de Elvas.

É um edifício que, em termos arquitectonicos, está completamente descaracterizado. Situado fora das muralhas da cidade, foi sempre um problema para a defesa da cidade. Foi ocupado, mais de uma vez, por espanhóis, no século XVII, e, no século XIX, durante as invasões francesas. Por esse motivo, foi várias vezes arrasado pela artilharia da praça forte. É aqui que está instalado o Arquivo Municipal de Elvas.