Esta freguesia remonta as suas origens à data da fundação do Mosteiro de São João de Arga.  Este terá sido fundado em 661, por São Frutuoso, sofrendo na idade média obras de restauro, levadas a cabo pelos frades beneditinos.  Na lista das igrejas situadas no território de Entre Lima e Minho, elaborada, em 1258, por ocasião das Inquirições desse ano, São João de Arga é citada como uma das igrejas pertencentes ao bispado de Tui.  O rei não detinha o seu padroado, pagando o Mosteiro, pelo São Miguel, um tributo de 15 dinheiros para a coroa. Pertencia nessa época ao Julgado de Cerveira.  Em 1599, D. Manuel doou o padroado deste Mosteiro ao Marquês de Vila Real, tendo posteriormente, a partir de 1641, passado para a Casa do Infantado, que o conservou até 1834.  Segundo P. Cardoso, Arga de São João sujeitava-se no secular às justiças da vila de Caminha e no eclesiástico às de Valença.  Pertence à Diocese de Viana do Castelo desde 3 de Novembro de 1977. Na Igreja Paroquial de Arga de São João, é possível visitar a veneranda imagem de Nossa Senhora da Piedade, chamada Santa Maria de Felgueiras.