Documentada en 1083, la iglesia de San Juan de la Almedina formaría ya entonces parte del palacio episcopal de Coímbra. El templo fue completamente renovado en el siglo XII en estilo románico, probablemente al tiempo que el claustro junto a él –del que se descubrió parte en la década de 1940– y fue consagrado hacia 1200. La iglesia fue de nuevo reconstruida entre 1684 y 1704, cuando recibió su aspecto actual. Se le cambió entonces su orientación, dándosele acceso a la calle. Como el resto del palacio episcopal, en 1912 fue cedida al ayuntamiento de Coímbra, pasando así a ser parte del Museo Nacional Machado de Castro, albergando desde 1923 su sección de arte sacro.