Ao contrário do que as pessoas pensam, a igreja mais antiga de Évora não é a Catedral mas sim esta pequena igreja, que foi undada logo após a reconquista cristã da cidade. A sua capela-mor foi construída sob uma antiga torre da muralha árabe. A igreja foi sofrendo alterações ao longo do tempo, nomeadamente durante a época manuelina e no séc. XVII, alterações essas que a descaracterizaram interior e exteriormente. Durante o séc. XX foi utilizada como casa de habitação, e foi durante essa época que a igreja perdeu a maioria do seu recheio. Mais tarde foi restaurada e, há pouco tempo, o seu exterior foi requalificado. A igreja faz parte actualmente da Fundação Eugénio de Almeida e é utilizada para actividades didáticas ligadas ao património. Algumas imagens religiosas, como a de São Miguel, retornaram ao interior da igreja.