A igreja da Misericórdia é um dos elementos do património histórico-cultural de Alcantarilha. Templo urbano, tem no arco da porta a data da sua construção: 1586. Trata-se, assim, de uma igreja construída durante o reinado de Filipe II de Espanha (I de Portugal), depois da vila ter sido fortificada por D. Sebastião. Imóvel de Valor Concelhio, a igreja da Misericórdia é um pequeno templo, com treze metros de comprimento por seis de largura, orientado no sentido Nascente - Poente. Na frontaria, de barroco renascentista, destaca-se a cantaria da porta com uma sóbria decoração simétrica, uma coroa fechada e uma cruz sobre três crânios que simbolizam o monte (calvário), além das armas emblemáticas dos Franciscanos. A encimar a fachada, encontra-se uma belíssima cruz de ferro forjado, artisticamente rendilhada. Reza a tradição que num quintal anexo ao templo se situava o antigo cemitério. No interior, destaca-se o altar-mor. O retábulo, em talha policromada, da segunda metade do século XVII, é embelezado por colunas salomónicas. No remate central, tal como na fachada, apresenta um escudo com as cinco Chagas de Cristo, gotejantes, aqui ladeado por anjos e motivos florais. No pináculo, uma vieira, símbolo dos peregrinos que a Misericórdia acolhia.A imagem da Rainha Santa Isabel domina o retábulo da capela-mor. Datada do século XVIII (ou XIX), é uma imagem coroada, com manto real e rosas no regaço. Terá sido esculpida na oficina de Gaspar Martins, o mestre a quem se atribui a autoria do retábulo. A entrada para a capela-mor faz-se pelo arco triunfal, de pedra, que inicia a abóbada de canhão do mesmo altar, com uma cobertura mais baixa do que a do corpo do templo, em forma de masseira. Ainda na capela-mor merece referência o banco de espaldar, do século XIX. No corpo do templo, do lado esquerdo, destaca-se o outro banco de espaldar, este para o assento dos mesários. Em frente da bancada situa-se o púlpito, de madeira, de 1818. Do lado da Epístola, expõem-se as lanternas das procissões; do lado do Evangelho, as sete bandeiras, incluindo a bandeira real. No que refere à arte sacra, salienta-se ainda um Senhor Crucificado, do século XIX, e as interessantes imagens de S. Francisco e Santo Amaro, o primeiro do século XVII e o segundo do século XVIII. A igreja da Misericórdia também tem o que parece ser a mais antiga lápide tumular conhecida em Alcantarilha, cuja inscrição diz o seguinte: Sa. de Balr Roiz Navio e sva Molher Lia (...) 1323(?) R Vidal. Trata-se da sepultura de Baltazar(?) Rodrigues Navio e sua mulher, Leonor(?), cuja data, presumivelmente de 1323, é de leitura ambígua, aproximando-se também de 1523. Qualquer uma das datas é, contudo, anterior à fundação do templo, pelo que a sepultura é, com certeza, oriunda de outro templo mais antigo. No exterior da igreja, à direita do observador, sobreposto à porta de entrada para a dependência da Santa Casa, existe um pequeno campanário de um só sino. Em 1936, ou 1937, foi retirado um adro que existia em frente do templo, pelo que a soleira da porta desceu. O mega-sismo de 1755 não deve ter afectado significativamente a igreja e também não terá alterado a casa do hospital da Misericórdia, cujas frontarias continuam no mesmo alinhamento. O templo voltou a ser objecto de uma intervenção, iniciada em 2002, com obras realizadas na fachada, telhado, guarda ventos, instalações sanitárias e arquivo.