Nas Inquirições de D. Afonso II, de 1220, Santo Estêvão de Boalhosa pertencia à Terra de Penala, sendo descrita como "Sancto Stephano de Beulosa (...) ista ecclesia est de Hospitale, et XI casalia et medium". Em 1258, fazia parte do julgado de Penela, sendo couto "do Esprital per padroes". É referida nestes termos nas Inquirições desse ano, de D. Afonso III. Já nas Inquirições de 1290, de D. Dinis, vem citada como freguesia de Santo estêvão de Boalhosa, situada no julgado de Penela. Américo Costa descreve-a como vigairaria da apresentação do abade de Queijada e couto pertencente à Ordem de Malta. Mais tarde, este couto veio a ser unido ao de Boalhosa, também daquela Ordem e concelho de Albergaria de Penela. Civilmente encontrava-se sob a jurisdição das autoridades de Queijada e criminalmente sob a alçada do juiz de Portela das Cabras. Pertence à Diocese de Viana do Castelo desde 3 de Novembro de 1977.